染色质免疫共沉淀测序（ChIP seq）
ChIP与下一代高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术具有成本低、效率高、检测的灵敏度和覆盖度高等优势,已经成为这一领域的首选技术。
磷酸化蛋白质组
翻译后修饰是蛋白质调节功能的重要方式，在生命现象的许多关键调节机制中，蛋白质的磷酸化是重要的翻译后修饰，它与信号传导，细胞周期，生长发育以及癌症机理等诸多生物学问题有密切关系。
蛋白质串联质谱（MALDI-TOF/TOF）鉴定
ABI 5800 Plus MALDI TOF/TOF™是世界上最畅销的基质辅助激光解离飞行时间质谱系统，测定生物大分子的最大分子量可以达到600kDa，而且具有极高的灵敏度，能够分析fmol级别的蛋
SILAC定量蛋白质组
2002年，丹麦Mann实验室的OngSE等对AACT技术作了进一步改进，建立了SILAC技术并首次应用于定量蛋白质组研究，为全面、系统地定性和定量分析复杂哺乳动物细胞蛋白质组提供了有效的方案。