一、凝胶制备
1.微波炉溶解琼脂糖时，胶液沸腾冲溢出三角锥瓶微波炉加热时胶液可能发生剧烈沸腾，
1）总液体量不宜超过三角锥瓶的 50% 容量，
2）2% 以上胶液设置中火加热
3）胶液剧烈沸腾时，停止加热，移开三角锥瓶，请戴上防热手套，小心摇动三角锥瓶，然后再次加热，胶液沸腾直至胶液清澈，保证琼脂糖完全溶解。
2.琼脂糖电泳图像背景模糊不清
琼脂糖没有完全溶解会造成电泳图像背景模糊不清。 完全溶解的琼脂糖胶液清澈，三角锥瓶内壁应没有粘附琼脂糖颗粒。
3.加热后水分蒸发，如需要应加入热的蒸馏水，补足到原来的重量，摇匀。
二、 电泳
1.DNA 条带模糊，拖尾
1） DNA 降解。避免核酸酶污染。
2）DNA 上样量过多。减少凝胶中 DNA 上样量。
3） 电泳缓冲液陈旧: 电泳缓冲液多次使用后，离子强度降低， pH 值上升，缓冲能力减弱，从而影响电泳效果。建议经常更换电泳缓冲液。
4）电泳条件不合适。电泳时电压不应超过 20V/cm ，温度＜30 ℃ ,巨大 DNA 链，温度应＜15 ℃，核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力。
5）DNA 样含盐过高。泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐。
6）有蛋白污染。电泳前抽提去除蛋白。
7）DNA 变性。电泳前勿加热，用 20mM NaCl 缓冲液稀释 DNA 。
2.DNA 条带淡弱或无 DNA 带
1）DNA 的上样量不够：增加 DNA 的上样量。
2）DNA 降解：避免 DNA 的核酸酶污染。
3）DNA 走出凝胶：缩短电泳时间，降低电压，增强凝胶浓度。
4）分子大小相近的 DNA 带不易分辨。增加电泳时间，使用正确的凝胶浓度。
5）DNA 变性：电泳前请勿高温加热 DNA 链，用 20mM NaCl Buffer稀释DNA 。
6）DNA 链巨大，常规凝胶电泳不合适。在脉冲凝胶电泳上分析。
3.DNA MARKER 条带扭曲
1）配制凝胶的缓冲液和电泳缓冲液不是同时配制的。使用同时配制的缓冲液。电泳时缓冲液高过液面1 － 2mm 即可。
2）电泳时电压过高。可以在电泳前 15 分钟用较低电压 (3V/cm), 等条带出孔后，再调电压。
3）尽量慢慢加样 ,等样品自然沉降后再加电压。
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